三箱式冷熱沖擊箱和兩箱式冷熱沖擊箱在結構、功能、停留階段等方面存在顯著的區別。

  在結構方面，三箱式冷熱沖擊箱包括高溫箱體、放置樣品的箱體及低溫箱體。測試高溫時，高溫箱門打開，低溫箱門關閉；測試低溫時，高溫箱門關閉，低溫箱門打開。而兩箱式冷熱沖擊箱則包括高溫箱體和低溫箱體，中間是吊籃。測試時樣品放在吊籃里，做高溫測試時吊籃提到高溫箱，反之做低溫試驗。

  在功能方面，兩箱式冷熱沖擊箱的特點是樣品快速放入預先降溫的低溫室或預先加熱的高溫室，因此變溫速度快，結構緊湊，一般容積較小，轉換時間短，試驗時產品需要移動。同時，它既可以作為熱沖擊箱使用，也可以作為單獨的高溫箱或低溫箱使用。而三箱式冷熱沖擊箱則具有室溫狀態，便于取放樣品，產品不移動，減少了產品移動對產品造成的影響，還可以連接一些敏感電信號監測線。但是，其轉換時間相對較長。

  在停留階段方面，兩箱式冷熱沖擊箱沒有常溫停留階段，只有高溫及低溫停留，高低溫停留階段初期有明顯的過沖現象。而三箱式冷熱沖擊箱則有常溫停留階段，高低溫及常溫停留階段類似正弦函數的曲線。

  此外，從嚴酷等級上看，兩箱式冷熱沖擊試驗相對于三箱式更能考驗產品經受環境溫度瞬間變化的適應性，因為其高低溫轉換時間更快。

  三箱式冷熱沖擊箱和兩箱式冷熱沖擊箱各有其特點和優勢，具體選擇哪種類型的設備應根據試驗需求、產品特性以及預算等因素進行綜合考慮。